Interstellar Run không trực tiếp kể một câu chuyện dài dòng như các trò chơi nhập vai phức tạp. Tuy nhiên, bối cảnh trò chơi lại gợi mở một thế giới đầy bí ẩn: người chơi nhập vai một phi hành gia bị mắc kẹt trong một trạm vũ trụ đang sụp đổ, b