Trong quá trình hoạt động, COOCOO gặp không ít khó khăn như chi phí sản xuất cao, thị trường tiêu thụ chưa ổn định, nhận thức xã hội về sản phẩm hữu cơ còn hạn chế. Để khắc phục, nông trại đã liên kết với các chuỗi siêu thị, cửa hàng thực phẩm