Dù nổi tiếng vì sự đơn độc, ninja không phải lúc nào cũng hành động một mình. Trong nhiều trường hợp, họ hoạt động theo nhóm, chia nhiệm vụ rõ ràng và hỗ trợ nhau trong các nhiệm vụ phức tạp. Các gia tộc ninja như gia tộc Hattori, gia tộc Momoc