Ngũ Hành cũng có ảnh hưởng mạnh mẽ đến y học cổ truyền. Trong y học phương Đông, cơ thể con người được coi là một hệ thống các yếu tố sinh học, trong đó các yếu tố Ngũ Hành (Kim, Mộc, Thủy, Hỏa, Thổ) tương ứng với các cơ quan và chức năng nhất