Hiện nay, các chương trình bảo tồn bò vàng chưa được đồng bộ. Nhiều địa phương còn thiếu ngân sách và nhân lực để duy trì đàn giống gốc. Việc quản lý di truyền cũng chưa được áp dụng triệt để, dẫn đến nguy cơ lai tạp ngược trở lại trong các đàn