Các mô phỏng khí quyển trên siêu máy tính giúp mô phỏng các hiện tượng khí tượng phức tạp như bão nhiệt đới, lốc xoáy và mưa lớn. Những mô phỏng này sử dụng các mô hình toán học phức tạp để dự đoán thời tiết trong các thời gian dài hơn, cung cấ