Một số thương hiệu trà sữa sử dụng nguyên liệu không rõ nguồn gốc, vi phạm an toàn thực phẩm. Có không ít vụ việc báo chí đưa tin về việc phát hiện hóa chất độc hại, chất tạo ngọt công nghiệp vượt mức trong các mẫu trà sữa bán trên thị trường.