Trong thời gian qua, chợ nổi trái cây đang phải đối mặt với nhiều thách thức, từ sự phát triển của hạ tầng giao thông, sự thay đổi trong thói quen tiêu dùng đến sự phát triển của các chợ điện tử. Những thách thức này đòi hỏi các chợ nổi trái câ