Mặc dù không giống như các samurai được trang bị giáp trụ nặng nề, ninja vẫn cần duy trì thể lực cực kỳ tốt. Họ phải có khả năng chạy nhanh, trèo cao, nhảy xa, bơi lội và vượt qua các chướng ngại vật trong mọi điều kiện thời tiết.Nước cốt chanh